Biodiesel udgør et CO2-neutralt alternativ til fossil diesel og fyringsolie, og kan derved reducere vores afhængighed af fossile brændstoffer.

Mange målinger tyder endvidere på, at partikelforureningen ved anvendelse af biodiesel reduceres markant, hvorfor det anvendes af busser i en række større byer, bl.a Graz i Østrig. Endvidere giver biodiesel en renere forbrænding og sikrer en god smøring af motoren og kan her erstatte de normalt anvendte additiver.

Ved spild i naturen nedbrydes biodiesel hurtigt, hvilket bla. reducerer risikoen for forurening fra villaolietanke.

Biodiesel kan imidlertid give anledning til en øget udledning af kvælstofilter, og den fremtidige anvendelse af biodiesel skal derfor ses i sammenhæng med de forskellige filtersystemer til reduktion af skadelige stoffer i udstødningsgassen fra biler.